蒙古史档案文献中心创建于2011年，是蒙古历史学系所属集档案文献搜集整理与科学研究于一体的科研平台。该中心成立以来，积极组织团队力量，在清代以来蒙古文、满文历史档案的搜集整理和出版方面取得了显著成效，先后整理出版《准格尔旗扎萨克衙门档案》（全42册）、《准格尔旗扎萨克衙门档案译编》（第二、三辑）、《准格尔旗扎萨克衙门档案基督宗教史料》《清朝后期理藩院满蒙文题本》（全42册）、《民国<政府公报>蒙古资料辑录》（全4册）等蒙、满、汉多文种大型档案和文献资料汇编。与此同时，获准立项并完成了《共产国际俄蒙档案文献整理研究》（教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目）《近代基督宗教蒙古文档案资料整理与研究》（国家社科基金一般项目）等科研项目。今后继续致力于民族文字档案文献的整理与出版的同时，启动蒙古文历史档案的数字化工程，将中心建成能够提供多文种档案文献、图书资料及数字化资源的现代化服务平台。